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《吉娃斯愛科學：飛鼠學校》為《吉娃斯愛科學》系列動畫影集的第二季，共有13集，每集11分鐘。
故事敘述主角吉娃斯為實現夢想，不斷努力吸收新知，期許自己能成為部落的第一個女性領袖。在飛鼠學校中，亦師亦友的部落青年巴彥教導孩子們科學知識，偶爾還有淘氣的小猴子乃奈來攪局——他們有笑有淚的生活故事，讓科學知識變得熱鬧起來。本季新登場角色為來自荷蘭的男孩里昂，他帶來文化的激盪，也讓飛鼠學校發展出更多有趣的科學故事。
01.《知識的穀倉：煙燻木材防腐》
荷蘭男孩──里昂，來飛鼠部落過暑假了！巴彥和斗腊帶他到古戰場，卻發現獵寮被山豬破壞了精光，便召集起大家協力蓋一座新的穀倉。里昂和吉娃斯、飛卉合作，也分享了荷蘭的特殊文化。穀倉蓋好後，斗腊拿出木柴要煙燻房屋，在大家誤以為是要燒毀房屋之時，巴彥解釋煙燻木柴可有利於防腐的道理，也宣告未來會以這個穀倉為據點，和大家傳授自己的所知、所學。
02.《泰雅螺旋槳：圓周運動》
吉娃斯為了逗盯著手上江某葉子發呆的里昂開心，前去把他手持著的江某葉子拔了，里昂氣著跑走，吉娃斯卻覺得好無辜！巴彥把大家聚集起來，才知道吉娃斯跟飛卉原來是想教里昂玩「旋轉江某」的遊戲。為了想知道里昂悶悶不樂的原因，吉娃斯向里昂下戰帖，要是她贏了，就要里昂告訴大家。巴彥更透過這個比賽，教導大家圓周運動的知識。
03.《眼中的光芒：脈絡膜的光反射》
斗腊帶大家上山去打飛鼠，吉娃斯雖不能去，還是偷偷拿著自己的小弓箭，帶著乃奈一起上山，留下的腳印卻被斗腊認出來了。因為擔心吉娃斯跟乃奈的安全，斗腊循著足跡找到他倆，更決定今晚不打獵了，只上山看一看。樹上閃爍的光芒嚇了吉娃斯好大一跳，巴彥解釋那是飛鼠為了能在夜間更清楚的看到東西，特殊的眼睛構造被光照到後反射的光芒。
04.《竹筍傳情意：草酸》
飛卉要帶里昂去一個長了好多竹筍的秘密基地，吉娃斯也跟了過去，說要帶一些回去給媽媽拉娃吃。因為拉娃平常都挑大的竹筍吃，吉娃斯也採了好多大竹筍，飛卉卻笑說小竹筍比較好吃，提議一行人到學校煮來吃，比較看看。大夥兒吃了後發現大竹筍的味道真是苦！巴彥解釋竹筍出土後會變苦的秘密，而拉娃是為了讓吉娃斯吃好吃的小竹筍，才會自己把大竹筍吃掉的。
05.《獵人的智慧：槓桿原理》
乃奈招呼大家齊拯救被捕獸鋏夾住的小猴子，卻發現捕獸鋏居然是飛卉放的！為了不要再誤傷幼小的動物，飛卉向巴彥請教製作傳統陷阱的方法，巴彥帶著他及里昂一起搭建陷阱，同時教導他們了解槓桿原理，吉娃斯身為泰雅女性，不能一起學，卻也躲在旁偷聽，甚至改良了飛卉的陷阱。隔天，大家享用著美味的竹雞湯，一行人更帶著傷口痊癒的小猴子一起回到屬於牠的森林。
06.《里昂的生日：梅納反應》
里昂意外發現今天是吉娃斯的生日！他和飛卉計劃要做一個泰雅風味的蛋糕給吉娃斯當驚喜。兩人到處收集了食材，卻處處遇到形跡可疑的同學們。費了好一番功夫終於做好，到了古戰場要送給吉娃斯，卻發現大家都在那裡！原來今天也是里昂的生日，巴彥集合了大家要一起為他慶生。大夥兒吃著蛋糕及烤肉，巴彥解釋為何烤焦的肉不宜食用，一同陪伴里昂度過這充實又特別的生日。
07.《最強三石灶：平面幾何》
巴彥發現里昂也不太熟悉可食用的植物，決定帶大家一起去部落周邊認識植物。隔天，同班同學沙韻因不敢生火煮食，便說要自己去找食物吃，吉娃斯決定陪她一起去，路上也採集了沙韻不曾吃過的山茼蒿、龍葵果。食材收集好了，巴彥要大夥兒拿石頭搭「三石灶」，搭得最好的人可以得到秘密食材。大家紛紛挑選不同類型的石頭，搭建了好幾座三石灶，巴彥也藉此解說幾何的概念。
08.《分享的暗號：香蕉與多巴胺》
部落裡來了香蕉大盜，飛卉、乃奈甚至巴彥的香蕉全都不見了！大夥兒一起到處尋找，甚至靠著嘎魯靈敏的嗅覺，就是怎麼也遍尋不著香蕉的蹤影。但路上的種種異狀，讓里昂發現了不尋常。夜裡，大家逮到了正舉辦香蕉派對的乃奈，飛卉卻表示他家的香蕉皮上不會有黑點點，乃奈偷的香蕉都不是他家的香蕉，眾人覺得疑惑，便跑去古戰場問巴彥香蕉長了黑色斑點的秘密……
09.《白日夢流星：光的繞射》
為了找到里昂爸爸口中所言見過的白天的流星，吉娃斯等人在飛鼠部落到處尋找，大家也紛紛幫忙：樂信拿著鏡子對著陽光、伍道用油膩膩的手就著光線模擬流星閃爍，吉娃斯帶著里昂爬過艱難山路。最終靠著乃奈誤以為是夢境的回憶，一行人在水底找到了「白日夢流星」！巴彥和大家解釋為何苦花魚會在水裡翻身移動，以及光線「散射」、「繞射」的學問。
10.《傳承的禮物：樹皮布的纖維化學》
飛卉告訴吉娃斯有一種布不用織，是樹上長出來的！眾人思忖著如何做出更多的樹皮布，異想天開的要把布種在土裡，卻被拉娃發現了。拉娃決定教大家做樹皮布的方法，巴彥、飛卉跟里昂都一起來學，製作的過程中，巴彥也講解構樹和苧麻植物纖維構造的特性和差異。眾人發現做樹皮布一點也不比織布輕鬆，反而很花體力呢！
11.《魚叉急轉彎：光的折射》
吉娃斯和樂信約定了隔天要比賽用魚叉抓魚，為了掌握抓魚的訣竅，吉娃斯、里昂和飛卉求助於巴彥，巴彥告訴他們光線折射的原理，更實際帶大家到河邊練習。隔天比賽時，飛卉嗅出了樂信竹簍裡傳來不新鮮的味道，原來是樂信跟伍道為了不要輸而投機取巧，把昨晚抓到的魚一起放進竹簍裡。為了和大家道歉，樂信教導眾人在晚上用魚鏡抓魚的方法。
12.《飛卉的鬍子：脂肪的化學》
飛卉嘴上長了白鬍子！他左思右想，早上只喝了一碗尤瑪給的豬肉湯就出門了，該不會是湯裡亂加了什麼東西？尤瑪覺得自己的好意被曲解，很不高興，巴彥解釋飛卉會長鬍子，是因為湯裡的豬油，在不同溫度的狀態下分別以液、固體的形象呈現的原因，不是湯裡亂加了東西。大夥兒更透過科學方法，煮了又香又濃的特製魚湯要送給尤瑪道歉。
13.《合作好滋味：澱粉分子構造》
為了準備即將來臨的祖靈祭，部落的族人們分組打麻糬，吉娃斯卻和里昂鬧脾氣，堅持要自己做。為了讓兩人和好，巴彥告訴大家小米變成麻糬的秘密，是因為他們像朋友一樣，外來的衝擊力量越大，他們越團結、緊密。吉娃斯也放下心結，和大夥一起合作打起麻糬。原來吉娃斯是因為里昂快回家而感到寂寞，為自己亂發脾氣道歉，里昂更將親手做的友情證明送給吉娃斯，並祝福吉娃斯成為部落的mrhu。
